Procurando seqüencias no GenBank
 
Procurando um gene no GenBank
 
Nesta atividade você descobrirá a identidade de uma sequência de DNA através de uma simulação que faremos. Você terá que acompanhar todos os passos necessários para se fazer uma consulta ao GenBank.

Esta atividade é apenas uma simulação para que você aprenda como fazer a sua própria pesquisa. No final desta página você irá ser direcionado(a) para uma série de imagens que representam as páginas do National Center for Biotechnology Information (NCBI). Você não estará no NCBI de verdade, mas sim dentro de nosso site. Nas páginas a seguir, procure pelas setas que aperecem em cada uma das páginas (e clique onde as mesmas indicarem) e leia as explicações no quadro laranja à esquerda de sua tela. Nós acreditamos que com isso você irá entender como fazer a sua pesquisa sozinho em seguida. Depois que você tiver feito esta simulação, você poderá identificar sequências de DNA sozinho(a), em tempo real, exatamente como fazem os(as) cientistas no mundo todo. Na tabela ao lado, nós disponibilizamos vários exercícios pra você fazer depois que dominar a técnica de busca e comparação de sequências de DNA. Como esta atividade no momento trata-se de uma simulação você não precisará copiar em seu navegador a sequência de DNA que é fornecida abaixo. Isso só será realmente necessário quando você fizer a sua pesquisa em tempo real (Veja na tabela azul à esquerda Exercícios 1 e Exercícios 2). Mas de qualquer modo você pode anotar as perguntas abaixo e tentar responde-las ao final desta simulação. Tudo pronto?

A sequência de DNA a seguir foi obtida em meu laboratório. As suas tarefas são:

-Descobrir se esta sequência representa algum gene conhecido
-Que gene é este
-De que organismo esta seqüência se deriva
-Qual a seqüência de aminoácidos da proteína formada a partir desta sequência
Seqüência :
ATT TGC TTC TGA CAC AAC TGT GTT CAC TAG CAA CCT CAA ACA GAC ACC ATG GTG CAC CTG ACT CCT GAG GAG AAG TCT GCC GTT ACT GCC CTG TGG GGC AAG GTG AAC GTG GAT GAA GTT GGT GGT GAG GCC CTG GGC AGG CTG CTG GTG GTC TAC CCT TGG ACC CAG AGG TTC TTT GAG TCC TTT GGG GAT CTG TCC ACT CCT GAT GCT GTT ATG GGC AAC CCT AAG GTG AAG GCT
Esta sequência não está necessariamente completa e pode ser que represente apenas um pedaço de DNA. Mas uma coisa eu já te falo. Esta sequência de DNA, mesmo que seja apenas um pedaço, representa o começo da sequência. Usando a tabela de aminoácidos, você irá determinar a seqüência de aminoácidos desta possível proteína
Eu facilitei pra vocês e já digitei os códons separadamente. Lembre-se que apesar de, na realidade, o RNA apresentar Uracil ao inves de Timina, no GenBank as seqüências são todas representadas com Timinas, mesmo que seja um RNA. Deste modo, usando a tabela a seguir, identifique o aminoácido correspondente para cada 3 bases (isto é, para cada códon). Considere também uma importante informação. Todas as proteínas se iniciam com o amoniácido Metionina, que é codificado pela combinação ATG. Com esta informação em mente, determine o início de sua sequência, ou seja o local onde começa a leitura para formação da proteína, assim como a composição de pelo menos os 12 primeiros aminoácidos de sua proteína. Se quiser, estabeleça a composição de todo o fragmento, mas isto não é necessário. Anote esta informação.
 
Consulta ao GenBank
Vamos fazer agora uma consulta ao Genbank. Esta consulta consiste em se colocar esta sequência no GenBank. O software do GenBank irá fazer uma procura por todas as sequências já depositadas ali que sejam idênticas ou similares à sequência que introduzimos. Tudo pronto?Então clique AQUI
 
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